20世紀末、英国では不可解な吸血鬼事件が頻発し、王立国教騎士団・通称「ヘルシング機関」がその対処にあたっていたが、ヘルシング本部が強襲されるなど多大な被害を受ける。一方、犬猿の仲であるヴァチカン及びその直属「イスカリオテ機関」と紆余曲折を経て協力関係を持ち、事件の黒幕が南米に逃れたナチス残党による組織「ミレニアム」だと知る。

ブラジルでの戦闘を経て、「ミレニアム」の正体が先の大戦末期にヘルシング機関が潰した「少佐」と呼ばれる男の部隊であると分かる。少佐は英国王室の会議で宣戦布告を行い、その場にいながら少佐から無視されたイスカリオテ機関は、英国とミレニアムを共に潰そうと画策する。

そして、ミレニアムは1,000人の吸血鬼部隊を率いて再び英国本土を強襲、これに乗じたヴァチカン教皇庁の第九次空中機動十字軍3,000人も加わり、ヘルシング機関を合わせた三つ巴の大戦争が始まる。